医学院包含23个学院（系），13所附属医院。覆盖生物学、基础医学、临床医学、口腔医学等8个一级学科博士学位授权点、4个一级学科博士后流动站。有临床医学八年制（授予博士学位）、临床医学八年制（口腔医学方向，授予博士学位）和7个本科专业（临床医学、口腔医学、生物医学科学、预防医学、医学检验学、护理学、营养学）。其中，临床医学、口腔医学、医学检验学、护理学为国家特色专业；临床医学八年制（法文班）、临床医学八年制（4+4硕博班）、临床医学五年制（儿科学方向）、临床医学五年制（英语班）是学院的特色班级。 

      医学院紧紧围绕国家“双一流”的战略决策，以整体提高学科建设和人才培养质量内涵为出发点，以培养卓越医学创新人才为落脚点，推动世界一流医学院和一流医学学科建设。整体布局、重点突出，稳步推动国家转化医学重大科技基础设施项目的建设。以高峰高原学科和高水平地方高校建设带动新一轮学科布局优化。现有国家教育部重点学科（三级学科）16个，上海市重点学科18个，上海高校一流学科9个。

     在ESI全球医学学科排名中，医学院共有7个学科跻身全球研究机构前1%，4个学科跻身前1‰，其中临床医学学科跻身全球研究机构前0.2‰。根据教育部学位与研究生教育发展中心2017年公布的学科评估结果，我院临床医学、基础医学被评为A类学科，其中临床医学（A+）全国排名第一。学科综合实力稳居全国前列。

      医学院科研成绩卓著，设有基础医学院、公共卫生学院、护理学院、上海-渥太华联合医学院、儿科学院等5个二级学院，以及上海市免疫学研究所、上海精准医学研究院、上海交通大学医学院分子医学院研究院等一批高水平科研平台。国家自然科学基金项目数已连续9年位居全国医学院校首位。

  医学院现共有13所附属医院，其中8所综合性医院、5所专科性附属医院。拥有2个国家临床医学研究中心。连续获批74个国家重点临床专科，数量占上海市国家级临床重点专科总数的54%。目前有上海市临床医学中心16个、上海市级研究所28个，上海市“重中之重”临床医学中心22个。