北医设有6个学院（部）：基础医学院、药学院、公共卫生学院、护理学院、公共教学部（医学人文研究院）、医学继续教育学院，6家直属附属医院、4家共建附属医院和14家教学医院，承担临床医学的教学、实习任务和向社会提供医疗保健服务。

     北医拥有大批国际、国内知名的医学教育、研究、临床方面的专家，其中两院（中国科学院、中国工程院）院士14人，入选国家“千人计划”6人，青年千人计划12人，“973”计划和重大科学研究计划项目首席科学家19人，“长江学者奖励计划”特聘教授、讲座教授20人，入选人力资源社会保障部“新世纪百千万人才工程”国家级人选11人，入选教育部“新世纪人才支持计划”70人，国家杰出青年基金获得者37人。

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     北医目前拥有3个国家一级重点学科，12个国家二级重点学科，1个国家重点实验室，1个国家工程实验室，3个国家临床医学研究中心，2个国家国际联合研究中心，49个省部级重点实验室/工程研究中心/国际科技合作基地，4个国家中医药管理局重点研究基地。

     2013年到2017年五年间，北大医学部作为第一完成单位，共获得各级各类科技奖励157项。其中国家级科技奖励10项（包括国家自然科学二等奖2项、国家科技进步二等奖8项）。医学部是我国最重要的医学创新研究基地和高级医药卫生人才的培养基地之一。

     北医对外交流活动丰富，与国际上著名的大学和科研机构在人才培养、科学研究、学术研讨等方面开展了广泛的交流与合作。已与100多所海外著名高校和科研机构建立了合作关系，建立了多个中外合作中心。

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     2000年与北京大学合校后，北京大学医学部本着“实事求是”与“发展是硬道理”的原则，采取条块结合，以块为主的管理模式，利用合校后的学科综合优势，不断发展学科建设，推动医学教育改革与科学研究，努力改善基础设施条件。启动并不断探索医学、药学与预防医学学生长学制的培养模式，大力推进医学学科与理科、人文社会学科的交叉，学科建设得到有力加强，学科布局进一步优化，促进了基础医学与临床医学、医学和药学、预防和治疗的结合，促进了生物医学与数学、物理、化学、力学、电子学等多学科的交叉，形成了人体干细胞工程研究与应用、人类功能基因和疾病基因研究和循证医学等若干个新兴的交叉学科群。在此基础上，医学部完善和建立了一批科研和技术平台，同时根据学科发展和重大疾病防治研究的需要，成立了糖尿病研究中心、医学遗传学中心、衰老研究中心、系统生物医学研究所等研究机构。临床研究所、医学信息学中心、中国卫生发展研究中心、国家医疗数据中心等相继成立，为开展多学科或跨学科合作研究、面向国家重大需求与承担国家重大任务创造了更加有利的条件。

     今天的北京大学医学部正在飞速发展，这所由中国政府于1912年创立的第一所医学院校，在国家的大力支持下，秉承“勤奋，严谨，求实，创新”的学风和“坚定正确的政治方向，严谨求实的治学态度，热忱服务的献身精神”的校风，打造“北大医学”品牌、共谋“北大医学”发展，加强顶层设计、统筹资源配置，形成整体合力，努力将“北大医学”建设成为世界一流的医药卫生高层次人才培养、高水平科技创新和高质量医疗服务的医学中心。