2016年3月，全国医学专业学位研究生教育指导委员会秘书处组织专家编写的《同等学力人员申请临床医学硕士专业学位学科综合水平全国统一考试大纲》和《同等学力人员申请临床医学硕士专业学位学科综合水平全国统一考试大纲》由北京大学医学出版社于正式出版发行，两本书总计106万余字。

全国医学专业学位研究生教育指导委员会于2016年4月8日-4月17日实施了临床医学（全科）研究生指导教师海外交流培训项目。

2016年4月13-14日，全国医学专业学位授权点专项评估工作总结会暨学位授权点合格评估研讨会在南昌大学开幕。来自国务院学位办、教育部以及北京大学、复旦大学、中山大学、南昌大学等高校的国内500余名专家学者参会。会上，教指委发布了92本医学专业学位授权点专项评估分析报告，获得受评单位广泛好评。

2016年5月8日-9日，由全国医学专业学位研究生教育指导委员会护理分委员会主办、中国医科大学护理学院承办的“护理分委员会全体委员会议”在沈阳顺利召开。

全国医学专业学位研究生教育指导委员会于6月3日-12日实施了临床医学（全科）研究生指导教师海外交流培训项目。

2016年6月14日，《国务院学位委员会 教育部 人力资源和社会保障部关于专业学位研究生教育指导委员会换届的通知》公布了新一届医学教指委委员名单。

2016年10月24日-9日，由全国医学专业学位研究生教育指导委员会护理分委员会主办的护理专业学位研究生培养质量研讨会在北京召开。

全国医学专业学位研究生教育指导委员会于11月18日-27日实施了临床医学（全科）研究生指导教师海外交流培训项目。

2016年11月23日，全国医学专业学位研究生教育指导委员会三届一次会议在北京召开。教指委主任委员、国家卫生计生委副主任刘谦等领导参会。